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Droit aux congés payés en cas de maladie : comment préserver vos jours

19 novembre 2025
9 min de lecture
Droit aux congés payés en cas de maladie : comment préserver vos jours

En France, le droit aux congés payés ne disparaît pas automatiquement en cas de maladie. Depuis la loi du 22 avril 2024, tout salarié en arrêt de travail continue d'acquérir des congés payés. Encore faut-il connaître les règles applicables, les délais à respecter et les démarches à suivre. Voici comment préserver vos jours de congés et éviter tout litige avec votre employeur.

Droit aux congés payés en cas de maladie : l'essentiel à retenir

  • Un arrêt maladie pendant les congés ne fait pas perdre les jours concernés, à condition de fournir un certificat médical.
  • Depuis avril 2024, les salariés en arrêt maladie acquièrent 2 jours ouvrables de congés par mois (contre 2,5 jours en période travaillée).
  • Les congés non pris pour cause de maladie bénéficient d'un report de 15 mois après la reprise du travail.
  • Avec absentify, vous suivez congés et absences maladie directement dans Microsoft 365.

Comment le droit aux congés payés en cas de maladie est-il réglementé en France ?

Le Code du travail (article L3141-5) prévoit désormais que les périodes d'arrêt maladie sont assimilées à du temps de travail effectif pour l'acquisition des congés payés. Depuis la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, un salarié en arrêt pour maladie non professionnelle acquiert 2 jours ouvrables par mois, soit 24 jours ouvrables par an.

Cette réforme, issue d'une mise en conformité avec la directive européenne 2003/88/CE et la jurisprudence de la CJUE, met fin à l'ancienne règle qui suspendait l'acquisition des congés pendant un arrêt maladie ordinaire.

Maladie et récupération d'heures supplémentaires

Si vous tombez malade pendant une période de récupération d'heures supplémentaires, les jours de repos sont considérés comme pris.

Contrairement aux congés payés, la récupération d'heures supplémentaires ne bénéficie pas de la même protection légale, car il ne s'agit pas de congés de repos au sens du Code du travail.

Comment signaler une maladie pendant vos congés ?

  1. Informer immédiatement votre employeur : Prévenez-le dès que possible, par e-mail ou par téléphone, de votre incapacité de travail.
  2. Fournir un certificat médical : L'arrêt de travail doit être envoyé à l'employeur et à la CPAM dans les 48 heures suivant sa prescription.
  3. Conserver les justificatifs : Gardez une copie de l'arrêt de travail jusqu'à ce que la correction de vos congés soit confirmée par le service RH.

En cas de maladie à l'étranger, vous devez également transmettre le certificat médical à votre caisse d'assurance maladie et informer votre employeur par voie numérique ou téléphonique.

Les services RH doivent enregistrer toutes les données dans le système afin que congés et périodes de maladie soient correctement distingués.

À qui s'applique le droit aux congés en cas de maladie ?

La réglementation s'applique à tous les salariés, quel que soit leur contrat ou leur temps de travail :

  • Salariés à temps plein et à temps partiel
  • Salariés en CDD
  • Apprentis et alternants
  • Salariés en arrêt longue durée, tant que le contrat de travail est en cours

Quand les congés expirent-ils en cas de maladie prolongée ?

En cas de maladie prolongée, les congés payés ne sont pas perdus automatiquement à la fin de la période de prise. Conformément à la loi du 22 avril 2024 et à la jurisprudence de la CJUE (arrêt C-214/10), les congés non pris pour cause de maladie bénéficient d'un report de 15 mois après la date à laquelle le salarié a été informé de ses droits par l'employeur, lors de sa reprise.

Exemple : Un salarié en arrêt maladie depuis janvier 2024 reprend le travail en juin 2025. L'employeur l'informe de ses droits le 15 juin 2025. Il dispose alors jusqu'au 15 septembre 2026 pour prendre ses congés reportés.

Comment les entreprises peuvent-elles documenter les droits aux congés en cas de maladie ?

Les équipes RH doivent enregistrer les arrêts maladie et les périodes de congés de façon numérique pour éviter les erreurs juridiques. Dans Microsoft 365, il est possible de rendre les absences visibles directement dans Outlook ou Teams. Ainsi, chacun sait qui est réellement disponible et quand les congés doivent être replanifiés.

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Quand naît le droit à des congés de remplacement en cas de maladie pendant les vacances ?

Si vous tombez malade pendant vos congés, les jours concernés ne comptent pas comme des jours de repos mais comme des jours de maladie. Les congés sont interrompus et les jours de maladie justifiés sont recrédités. Après votre guérison, vous pouvez redemander les jours perdus, à condition d'avoir fourni les justificatifs nécessaires.

Exemple pratique

Vous êtes en congés du 5 au 16 août. Le 8 août, vous tombez malade et obtenez un arrêt de travail jusqu'au 12 août. Ces cinq jours de maladie ne sont pas décomptés de vos congés. Vos congés approuvés se terminent bien le 16 août, mais vous avez le droit de rattraper ces cinq jours ultérieurement.

Quand pouvez-vous prendre les congés de remplacement ?

Les congés de remplacement font partie de votre droit annuel aux congés payés et doivent être pris durant la même période de prise ou, avec l'accord de l'employeur, reportés dans la limite des 15 mois prévus par la loi.

Le droit aux congés est-il maintenu en cas de maladie au-delà de six semaines ?

En France, le salarié en arrêt maladie continue d'acquérir des congés payés pendant toute la durée de son arrêt. Durant les 6 premiers mois, la Sécurité sociale verse des indemnités journalières (IJSS). Au-delà, selon la convention collective applicable, un régime de prévoyance peut compléter les revenus. Le droit aux congés reste maintenu : le salarié acquiert 2 jours ouvrables par mois pendant tout l'arrêt.

Comment évolue le droit aux congés après un arrêt de longue durée ?

Après un arrêt maladie de longue durée (au-delà de 12 mois, voire 36 mois en cas d'affection longue durée), de nombreux salariés s'interrogent sur le sort de leurs congés. La réponse : les congés continuent de s'accumuler, mais ils sont soumis au délai de report de 15 mois à compter de l'information par l'employeur lors de la reprise.

PériodeRevenusDroit aux congés
0–6 moisIndemnités journalières (IJSS)Acquisition de 2 jours ouvrables/mois
6–36 moisIJSS + prévoyance (selon convention)Acquisition de 2 jours ouvrables/mois
Au-delà de 36 moisFin des IJSS, invalidité possibleCongés acquis reportables 15 mois après reprise

Que faire si l'employeur refuse les congés après une maladie ?

Certains employeurs hésitent à accorder des congés après un arrêt maladie, par incertitude sur les délais ou les justificatifs. Pourtant, la loi est claire : si votre droit aux congés est toujours valable et que vous êtes de nouveau apte au travail, votre employeur ne peut pas vous refuser les congés.

Quand l'employeur ne peut-il pas refuser les congés ?

Dès que vous avez repris le travail et que l'employeur vous a informé de vos droits, vous pouvez demander vos congés restants de manière habituelle.

Un refus n'est possible que dans des cas exceptionnels, par exemple :

  • si vous n'avez pas fourni de certificat médical
  • ou si le délai de report de 15 mois est dépassé.

Tant que ces conditions ne sont pas réunies, votre droit légal aux congés subsiste, même après un long arrêt maladie.

Que faire si l'employeur refuse les congés malgré votre droit ?

  1. Faire une demande écrite : Soumettez votre demande de congés par écrit (e-mail ou via le système RH).
  2. Demander une justification : Exigez une réponse écrite en cas de refus.
  3. Impliquer les représentants du personnel : Faites examiner la situation par le CSE ou le service RH pour dissiper tout malentendu.
  4. Envisager un recours juridique : Si votre employeur refuse durablement vos congés malgré votre droit, vous pouvez saisir le conseil de prud'hommes.

Selon l'article L3141-16 du Code du travail, l'employeur est tenu d'accorder les congés durant la période de prise, sauf raisons impérieuses liées au fonctionnement de l'entreprise.

Quand le droit aux congés se prescrit-il ?

Même si l'employeur n'accorde pas les congés pendant une longue période, le droit ne peut expirer que si le salarié a été informé de ses droits. La CJUE a confirmé que l'employeur doit activement informer les salariés du risque de perte de leurs congés, faute de quoi le droit subsiste (CJUE, arrêt C-684/16).

Bien gérer le droit aux congés en cas de maladie grâce au numérique

Le droit aux congés payés est maintenu même en cas de maladie, à condition que l'arrêt de travail soit signalé et justifié en temps voulu. Même lors d'un arrêt de longue durée, les congés restants peuvent être conservés dans la limite du délai de report de 15 mois.

Pour que les droits aux congés restent transparents et que les délais soient respectés, une gestion numérique centralisée de toutes les absences est indispensable.

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  • Gain de temps et prévention des erreurs de communication

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Droit aux congés en cas de maladie – Questions fréquentes

En cas de reprise a temps partiel therapeutique, le droit aux conges s'acquiert proportionnellement au temps de travail effectif. Les jours travailles comptent pour l'acquisition des conges, tandis que les jours d'arret maladie donnent droit a 2 jours ouvrables par mois.

Non, l'employeur ne peut pas reduire le droit legal aux conges payes en cas de maladie. Depuis la loi du 22 avril 2024, le salarie continue d'acquerir des conges pendant tout arret maladie, a raison de 2 jours ouvrables par mois.

Si vous retombez malade pendant un temps partiel therapeutique, la periode est traitee comme un arret maladie. Les conges deja approuves restent acquis et peuvent etre repris apres votre guerison, dans la limite du delai de report.

Les services RH doivent souvent jongler entre arrets maladie, droits aux conges et soldes restants. Avec absentify, toutes les absences, remplacements et delais se gerent dans un seul outil, synchronise automatiquement avec Outlook et Teams.

Pendant un conge sans solde, le contrat de travail est suspendu et aucun droit a conges payes ne s'acquiert pour cette periode. Seule une maladie survenant avant le debut du conge sans solde permet de reporter les jours prevus.

Veillez a ce que votre employeur vous informe de vos droits des votre reprise du travail : c'est le point de depart du delai de report de 15 mois. Avec absentify, vous pouvez suivre automatiquement les delais, les periodes de maladie et les reports de conges pour ne perdre aucun jour.

À propos de l'auteur

Anna Keller

Anna Keller

Responsable de contenu chez absentify

En tant qu'auteure du blog absentify, Anna Keller explique comment les entreprises peuvent gérer efficacement les absences, les congés et le temps de travail. Dans ses articles, elle allie pratique RH et astuces Microsoft 365 pour Outlook et Teams, et propose des modèles, des guides pas à pas et des comparatifs de logiciels pour des processus modernes et digitaux.

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